Těžiště mezinárodní vědecké spolupráce samozřejmě spočívá v přímých zahraničních kontaktech pracovišť Akademie věd a v jejich mezinárodních výzkumných projektech.

V současné době se Akademie věd České republiky podílí na 364 mezinárodních projektech v rámci dvoustranných meziakademických dohod.

Kromě těchto projektů, které jsou garantovány mezinárodními smlouvami AV ČR se realizuje
řada dalších projektů v rámci přímé spolupráce pracovišť AV ČR s partnery v zahraničí.

Akademie věd ČR se účastní vybraných aktivit s těmi nevládními organizacemi, které jsou zaměřeny na hledání cest k řešení celoevropských a celosvětových problémů výzkumu a vývoje (Academia Europaea, ALLEA, EASAC, ESF, Euroscience, IAP, ICSU, IIASA), zejména proto, že jejich program se týká českých prioritních směrů výzkumu.

Při všech těchto aktivitách Akademie věd využívá svých mezinárodních kontaktů nejen ve prospěch svých ústavů, ale i celé české výzkumné základny.

Akademie věd ČR se zaměřuje na další rozvoj Evropského výzkumného prostoru (ERA), zohledňujíc Lublaňský proces a dokument Vize 2020. V návaznosti na stanovisko podané k tzv. Zelené knize Evropské komise s názvem „Evropský výzkumný prostor: nové perspektivy" AV ČR usiluje zejména o realizaci projektů velkých infrastruktur výzkumu z cestovní mapy velkých infrastruktur výzkumu ESFRI a zaměřuje se na otázky spjaté s mobilitou výzkumných pracovníků.

Spolupráce v rámci struktur EU
Velkou pozornost Akademie věd ČR věnuje problematice strukturálních fondů Operačního programu Výzkum a vývoj pro inovace, Operačního programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost, Operačního programu Praha-Adaptabilita, Operačního programu Praha-Konkurenceschopnost, 7. rámcového programu pro výzkum a technologický rozvoj Evropské unie. Celkový objem smluvně sjednaných finančních prostředků, které získala pracoviště AV ČR, dosáhl částky 9 mil. €.

Průměrná kontrahovaná částka na jeden projekt v roce 2008 činila více než 1 mil. Kč, což svědčí o skutečnosti, že vědecké týmy se stále více zapojují do finančně náročnějších projektů. Nejvyšší počet řešených projektů v roce 2008 vykázaly Fyzikální ústav (24), Ústav experimentální medicíny (15), Ústav fyziky plazmatu (13) a Ústav makromolekulární chemie (12). Na přelomu roku 2008 Akademie věd ČR uspěla se dvěma ERC Advanced granty (ÚOCHB) z celkových tří grantů z ČR, které prošly dvoukolovým hodnotícím systémem. Jde o významný úspěch, který dokladuje vědeckou kvalitu a excelenci této instituce.

Významnou úlohu při zapojování vědeckých pracovišť do ERA plnilo Technologické centrum prostřednictvím projektu NICER (Národní informační centrum pro evropský výzkum). V rámci tohoto projektu byla zajišťována školící a konzultační činnost k 7. RP. K úspěšnému zapojení českého výzkumu do evropské výzkumné kooperace přispěla i činnost České styčné kanceláře pro výzkum a vývoj v Bruselu (CZELO). K posílení spolupráce se zahraničními vědecko-výzkumnými pracovníky napomáhalo působení Českého centra pro mobilitu, které se snaží odstraňovat překážky v jejich mobilitě a zjednodušovat administrativní postupy v souvislosti s pobytem těchto pracovníků v ČR.

Spolupráce Akademie věd ČR s dalšími mezinárodními vládními organizacemi
Uveďme jen jeden příklad významné mezinárodní spolupráce: CERN - Conseil Européen pour la Recherche Nucléaire. V roce 2008 se v CERN začala testovat nová největší a nejsložitější vědeckovýzkumná zařízení, která kdy lidé sestrojili - urychlovač vstřícných svazků LHC a detektory experimentů ATLAS, ALICE, CMS, LHCb a TOTEM, jež představují novou generaci experimentů ve fyzice částic. Slavnostní inaugurace LHC konané v CERN 21. října 2008 se zúčastnilo 42 vládních delegací vedených prezidenty, premiéry či ministry. Spolupráce s CERN se v roce 2008 z ČR zúčastnilo přes 400 pracovníků a studentů z 15 institucí AV ČR a vysokých škol. Podíleli se na 118 prvotřídních odborných publikacích a 88 referátech na mezinárodních konferencích.

Spolupráce AV ČR s mezinárodními nevládnímivědeckými institucemi
All European Academies (ALLEA) sdružuje 53 akademií věd ze 40 evropských zemí. Tato organizace velmi těsně spolupracuje s dalšími evropskými i světovými organizacemi a podílí se na pořádání významných světových akcí, jako je např. Světové vědecké fórum.

European Academies Advisory Council (EASAC) je instituce složená ze zástupců 25 národních akademií věd většiny členských států EU, jejímž hlavním posláním je příprava expertních studií a poskytování objektivních informací z nejrůznějších vědních oborů, které aktuálně řeší evropské a národní politické instituce (např. Evropský parlament). AV ČR má v EASAC svého oficiálního zástupce, akademičtí vědečtí pracovníci se podílejí na práci expertních skupin pro oblast životního prostředí, vakcinaci infekčních chorob a energetiky.

Union Académique Internationale (UAI) sdružující 61 národních akademií z celého světa koordinuje a v některých případech finančně podporuje mimořádně významné projekty z oblasti humanitních oborů přesahující rámec jednoho státu. Ústavy AV ČR se účastní projektů Moravia Magna, Clavis monumentorum literarum Bohemiae, Lexicon iconographicum mythologiae classicae/Thesaurus cultus et rituum antiquorum, Corpus vasorum antiquorum, Slovník středověké latiny a Aristoteles Latinus.

Spolupráce se zahraničím v rámci mezinárodních dvoustranných dohod
Mezinárodní dvoustranná spolupráce plní důležitou roli v zahraničních vztazích Akademie věd ČR. Právním rámcem těchto oficiálních kontaktů jsou dvoustranné dohody Akademie se zahraničními vědeckými institucemi. V roce 2008 bylo uzavřeno 66 dohod s partnery ze 49 zemí.

Prostřednictvím dvoustranné spolupráce bylo v roce 2008 vysláno do zahraničí 659 osob na celkový počet 6427 pobytových dnů. Ze zahraničí bylo přijato 563 zahraničních vědců na 4798 pobytových dnů.

Nezávisle na dvoustranných meziakademických dohodách rozvíjejí vědečtí pracovníci zahraniční spolupráci na základě přímých kontaktů pracovišť AV ČR, ať již formou meziústavních dohod, zapojením se do mezinárodních programů a projektů, účastí na mezinárodních vědeckých setkáních, nebo prostřednictvím přímých kontaktů mezi partnery doma a v zahraničí.