V období 1763-1784 se formovala Soukromá učená společnost nauk, pozdější Královská česká společnost nauk. Mezi jejími zakladateli vynikl osvícenský přírodovědec Ignác Born, který usiloval o „povznesení matematiky, vlasteneckého dějepisu a přírodovědy". Podle prvních stanov se Společnost členila na třídu fyzikální, matematickou a historickou. Významnými osobnostmi společnosti byli například zakladatel slovanských studií Josef Dobrovský, matematik František Josef Gerstner, matematik a fyzik Christian Doppler.

V letech 1861-1863 geniální český přírodovědec Jan Evangelista Purkyně uveřejnil spis nazvaný Akademia. Spisem prostupují myšlenky Akademie jako samosprávné svobodné instituce a ideje svobodného vědeckého bádání. Plánované ústavy měly být dostatečně hmotně zajištěny, protože „národ, který tu skrblí, sám sebe k nižšímu stupni odsuzuje".

Ve druhé polovině 19. století se projevila nezbytnost vybudovat institucionální základy české vědy. Bylo třeba vytvářet předpoklady pro to, aby se česká věda stala aktivní součástí světové kultury a její instituce plnily nezastupitelnou úlohu v dotvářející se občanské společnosti v českých zemích.

1890-1952
Výsledkem předchozích snah bylo založení České akademie věd a umění - ČAVU. Zásluhou ušlechtilého mecenáše Josefa Hlávky a zároveň s přispěním státu finančně dobře zajištěná Česká akademie pořádala přednášky, vydávala vědecké spisy, podporovala bádání ve všech vědních oborech a udržovala styky s korporacemi pěstujícími vědu, literaturu a umění. Mezi její čelné představitele patřili filolog Josef Zubatý, fyzikální chemik Jaroslav Heyrovský, chemik Emil Votoček, lékař-internista Josef Pelnář, biolog Bohumil Němec, historik Josef Šusta.

1919-1920
Po vzniku Československé republiky byla založena řada významných vědeckých ústavů, např. Státní ústav meteorologický, Státní ústav pro geofyziku, Státní ústav geologický, Státní historický ústav, Sociální ústav Československé republiky, Vojenský zeměpisný ústav, Vojenský letecký ústav, Státní ústav statistický a Státní ústav radiologický. Ochranu historických památek a přírody měly zajišťovat tři státní památkové úřady (pro Čechy v Praze, pro Moravu a Slezsko v Brně a pro Slovensko a Podkarpatskou Rus v Bratislavě).

V roce 1922 byly založeny: Slovanský ústav, nové centrum slavistických studií v Evropě, a Orientální ústav, v němž působil světoznámý badatel Bedřich Hrozný.

V roce 1929 vznikl Československý ústav zahraniční.

1920-1952
Mezi lety 1920-1952 působila Masarykova akademie práce (MAP), jejímž úkolem bylo „organisovati technickou práci k hospodárnému využívání schopností veškerého lidu i přírodního bohatství československého státu k nejvyššímu obecnému prospěchu". Ve stejném období se stala Československá akademie zemědělská ideovým a reprezentačním sdružením badatelů na pomezí biologie, chemie a praktických zemědělských oborů.

Od roku 1923 fungoval Ústav pro jazyk český při ČAVU a Československá národní rada badatelská, která napomáhala k začlenění československé vědy do mezinárodního vědeckého rámce. Československo se stalo členem Mezinárodní rady badatelské a Mezinárodní rady vědeckých unií.

V roce 1923 vzniklo Československé ústředí pro mezinárodní spolupráci duševní. Tato organizace vznikla při ČAVU (za součinnosti KČSN a MAP) jako odbočka Mezinárodní komise pro duševní spolupráci při Společnosti národů v Ženevě. Jejím úkolem bylo starat se o zajištění hmotných podmínek vědců, hájit autorská práva, podporovat výměnu publikací, organizovat mezinárodní vědecké sjezdy a zajišťovat mezinárodní bibliografii.

1948
Únorový komunistický převrat dočasně poznamenal českou vědu násilným prosazováním její sovětizace. Nejen na vysokých školách, ale i na vědeckých pracovištích se uskutečnily politické čistky a byly zlikvidovány obory označované tehdy za „nemarxistické". Zároveň bylo rozhodnuto vybudovat jednotnou vědeckou instituci pro základní výzkum. K tomu účelu vznikla Vládní komise pro vybudování Československé akademie věd, v níž naštěstí zasedli také vynikající vědci se světovým rozhledem. Komise vycházela z rozhodnutí, že jednotná Československá akademie věd (ČSAV) nahradí starší akademie a vědecké společnosti. Životodárná síla vědeckého poznání se dokázala prosadit i v době totality. Nejlepší představitelé české vědy, kteří se podíleli na založení ČSAV a na vzniku sítě akademických ústavů, dobře znali vývojové tendence evropské vědy a měli na mysli příznivý rozvoj Akademie i v totalitním státě. Takoví vědci jako objevitel polarografie a laureát Nobelovy ceny za chemii Jaroslav Heyrovský, objevitel kontaktních čoček Otto Wichterle, chemik František Šorm, fyziolog Vilém Laufberger či archeolog Jan Filip dokázali dát základnímu výzkumu směr, na který bylo možné po roce 1989 se ctí navázat.

1989
Po roce 1989 prošla ČSAV důkladnou proměnou, která zmodernizovala její strukturu a zcela odstranila důsledky někdejší sovětizace, indoktrinace a politické represe - ČSAV se stala institucí nezávislou na politických vlivech. Jejími stěžejními úkoly se staly základní vědecký výzkum, mezinárodní vědecká spolupráce a výchova mladých badatelů nástupnické Akademie věd ČR, která zahájila činnost v lednu 1993, navázala na nosné tradice Královské české společnosti nauk, České akademie věd a umění, Československé akademie věd i dalších akademií a vědeckých společností. Již sedmnáctý rok působí jako moderní, dynamická a demokraticky řízená soustava vědeckých ústavů, o jaké kdysi snil Jan Evangelista Purkyně.